Прототипом сегодняшней Счётной палаты является Камер-коллегия, образовнная при Петре I. Данная контрольная структура был учреждена в 1718 г. для заведования казёнными сборами и некоторыми отраслями государственного хозяйства. Непосредственным идеологом и создателем счётного органа того времени был Пётр Лукич Аксёнов, который первый в 1719 г. вёл в Камер-коллегии ведомость прихода и расхода денежной казны в государстве и подавал Государю каждую неделю ведомости о движении сумм, по донесениям, поступавшим в коллегию. Кроме того, Пётр Лукич Аксёнов составил формы ведения отчётности по Камер-коллегии.
Как знаток счетной части, Аксёнов П.Л. участвовал в комиссиях по ревизии деятельности таких крупных государственных чиновников как, адмирала Сиверса (объект: построение Крондштата), Миниха (объект: Кадетский корпус), графа адмирала Головина (объект: расходованием казенных денег), а также многих других.
Назначенный впоследствии комиссаром особой отчётной конторы, он обучил присланных для узнания порядка отчётности из всех мест канцелярских служителей. В 1725 г. Сенат определил Петра Лукича Аксёнова камериром, а в 1731 году и секретарём.
Должность государственного контролёра в России просуществовала с 1811 по 1918 годы.
В январе 1918 г. указанная должность была упразднена, а вместо неё была создана Центральная контрольная коллегия. Весто губернских контрольных палат были созданы губернские учётно-контрольные коллегии.
В июле 1918 года Центральная контрольная коллегия была преобразована в Народный комиссариат государственного контроля РСФСР.
В 1920 году комиссариат был реорганизован в Рабоче-крестьянскую инспекцию в центре и местные рабоче-крестьянские инспекции на местах, на Дальнем Востоке государственный контроль осуществляли Центральный Народный Государственный Контроль, во главе с Народным Государственным Контролёром, в центре и местные народные государственные контроли и отряды народного государственного контроля (во главе с начальниками отрядов) на местах.
В 1934 году Рабоче-крестьянская инспекция была упразднена; её функции были переданы уполномоченному Комиссии Советского Контроля СССР (КСК) по РСФСР на государственном уровне, уполномоченным КСК СССР в областях, районах и городах на местном уровне.
В 1940 году был воссоздан Народный Комиссариат Государственного Контроля; функции местных уполномоченных КСК СССР перешли главным контролёрам на местах.
В 1957 году Министерство Государственного Контроля было преобразовано в Комиссию советского контроля Совета Министров РСФСР, в 1961 году она в свою очередь была переименована в Комиссию государственного контроля Совета Министров РСФСР, функции главных контролёров перешли к группам государственного контроля Комиссии государственного контроля Совета Министров РСФСР.
В 1962 году Комиссия государственного контроля Совета Министров РСФСР была преобразована в Комитет партийно-государственного контроля Бюро ЦК КПСС и Совета Министров РСФСР; областные, районные и городские группы государственного контроля КГК СМ РСФСР — в областные, районные и городские комитеты партийно-государственного контроля.
В 1966 году был преобразован в Комитет народного контроля РСФСР; областные, районные и сельские комитеты партийно-государственного контроля — в областные, районные и сельские комитеты народного контроля соответственно.
В 1991 году была учреждена должность Главного государственного инспектора РСФСР, а в 2000-х возникла должность главного федерального инспектора в субъектах РФ.
10 октября 1991 года законом РСФСР «О бюджетном регулировании и бюджетном процессе в РСФСР» создавалась Контрольно-Счётная Палата РСФСР, однако уже 7 февраля 1992 года она была реорганизована в Контрольно-бюджетный комитет при Верховном Совете РСФСР. Счётная Палата Российской Федерации создана на основании Конституции Российской Федерации 1993 года, и с того же момента началось создание областных контрольно-счётных палат в областях, с 1997 года в городах, с 2006 года в районах.